鄂尔多斯市经济合作服务中心设9个内设机构:
(一)办公室。承担中心政务、会务、档案、机要保密、人事编制、制度建设等工作;承担中心财务、工资、审计、资产管理、后勤保障等工作;承担中心党组织建设、党风廉政建设、宣传思想、群团建设、安全维稳等工作。
(二)综合业务科。开展优化营商环境国家评价、自治区评估相关的政策研究，综合协调指标建设工作，参与相关政策措施拟订并提出工作建议;综合协调优化营商环境国家评价、自治区评估相关重点工作督导调度;综合协调优化营商环境评价评估工作。
(三)政务环境科。承担政务环境领域优化营商环境国家评价、自治区评估相关的政策措施拟订、指标监测调度、工作协调、反馈问题整改等方面的基础性、辅助性工作。
(四)市场环境科。承担市场环境领域优化营商环境国家评价、自治区评估相关的政策措施拟订、指标监测调度、工作协调、反馈问题整改等方面的基础性、辅助性工作。
(五)法治环境科。承担法治环境领域优化营商环境国家评价、自治区评估相关的政策措施拟订、指标监测调度、工作协调、反馈问题整改等方面的基础性、辅助性工作。
(六)社会环境科。承担社会环境领域优化营商环境国家评价、自治区评估相关的政策措施拟订、指标监测调度、工作协调、反馈问题整改等方面的基础性、辅助性工作。
(七)宣教考核科。建立运维优化营商环境国家评价、自治区评估相关宣传信息平台，协同相关部门开展政策宣传、信息发布等工作;协同相关部门开展优化营商环境教育培训工作;承担全市优化营商环境绩效考核的辅助性工作。
(八)人才科创引进科。承担与人才科创中心相关的“双招双引”的辅助性工作。
(九)鄂尔多斯市人才科创服务中心。承担人才科创中心“一站式”综合服务大厅的服务、管理运行工作；协同有关部门推动人才和科技创新政策“一站式”落实、事项“一站式”办理等工作；协助有关部门在人才科创中心组织各类人才交流、科技创新等活动；协助人才科创中心入驻对象举办培训交流、商务洽谈、展览展示、人才招聘等活动；协助有关部门为人才科创中心入驻对象争取各级政策支持的基础性、辅助性工作；协助有关部门做好人才科创中心各类荣誉申报的基础性、辅助性工作；承担人才科创中心运营年度保障资金的申报、审核与拨付的基础性、辅助性工作；承担人才科创中心日常协调、服务、管理工作。
